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渡鸦的安全屋内部别有洞天，其医疗设备的先进程度超乎时颜想象。在长达八小时的手术后，小九的性命暂时保住了，但身体机能严重受损，大部分机械部件需要长时间修复和适应。渡鸦（真实身份为前新纪元研究中心高级研究员瑞文）在取得时颜的初步信任后，开始与她共同解析硬盘中的数据。
数据揭示的真相令人震撼：秦枫确实是“镜像”项目的奠基人，但他的初衷是利用可控的神经同步技术治疗严重脑损伤。副局长代表的势力（即“蜂巢”的核心）扭曲了研究，将其武器化。五年前的“事故”是副局长与伯格曼联手制造的，旨在除掉无法被完全控制的秦枫，并夺取项目主导权。陈武因暗中调查秦枫“意外”死亡的真相而触及核心秘密，最终遇害。他留下的警告“小心秦枫”实为“小心冒充秦枫的势力”，因为副局长一直在利用秦枫的旧有身份和资源进行活动。
最关键的信息指向“牧蜂人”——这不是一个人，而是一个代号，指代“蜂巢”的中央意识控制程序，其核心服务器位于新纪元研究中心地下深处未经标记的B7层。而12号，作为“完美镜像”，被设计为连接并激活“牧蜂人”，实现对所有“镜像”及特定目标（如被植入过神经标记的个体，暗示陈武可能曾是早期实验体）的绝对控制，进而扩展至更广泛的人群。小九提到的“钥匙”和“开门”正源于此。
与此同时，研究中心遭受入侵的消息引发轩然大波。副局长将事件定性为“守夜人”残部的恐怖袭击，借机扩大清洗范围，并加速了“牧蜂人”的激活进程。城市内的气氛日趋紧张。
时颜、瑞文和逐渐恢复意识的小九意识到，必须在“牧蜂人”完全激活前将其摧毁。小九的身体状况无法参与直接行动，但她凭借对研究中心内部系统和“镜像”思维模式的了解，成为计划制定的关键智囊。时颜脚踝的伤势在瑞文的治疗下好转，但心理压力巨大，对陈武命运的确认和对12号复杂身份的困惑（数据暗示12号可能基于秦枫失踪前留下的某种“反制程序”或拥有更特殊的起源）交织在一起。
他们制定了一个近乎自杀的计划：利用瑞文保留的权限和时颜的“原体”身份，伪装成被捕获的逃亡者再次潜入研究中心核心区。瑞文负责在外围提供技术支援，制造混乱；时颜则深入B7层，安装瑞文准备的、能过载“牧蜂人”服务器的特殊病毒程序；小九则远程尝试干扰其他“镜像”的指挥链路。
行动前夜，时颜在安全屋附近森林中独处，回忆与陈武的往昔，坚定了摧毁一切黑暗根源的决心。小九与她进行了一次深谈，表达了对“存在”意义的思考，并暗示如果计划失败，她将启动自我毁灭程序，避免成为敌人的工具。
行动日。时颜和瑞文利用伪造的身份和精心选择的时机，成功混入研究中心。气氛异常紧张，大量警卫和“镜像”被调往核心区域。在瑞文的远程指引下，时颜一路潜行至通往B7层的秘密电梯。然而，就在电梯门即将关闭时，伯格曼带着警卫出现，瑞文的掩护身份暴露，通讯被切断。时颜被迫独自下行。
B7层是一个充满未来感的巨大空间，中央是散发着幽蓝光芒的“牧蜂人”服务器阵列。12号静立在服务器前，似乎早已等候多时。一场不可避免的决战爆发。时颜凭借顽强的意志和技巧与12号周旋，但实力悬殊，很快身受重伤。关键时刻，12号的行为出现诡异波动，她攻击的致命性降低，甚至偶尔会替时颜挡开系统自动防御武器的攻击。她断断续续地吐出词语：“秦枫...协议...错误...阻止...”印证了她体内存在某种对抗“牧蜂人”控制的后门程序。
正当12号似乎要挣脱控制、协助时颜时，副局长和伯格曼通过监控系统现身（全息投影）。副局长得意地揭示了最终阴谋：“牧蜂人”的完全激活不仅需要12号，还需要“原体”（时颜）的特定神经信号作为最后的“密钥”来稳定系统。他们一直在引导时颜至此。伯格曼启动了最终程序，服务器光芒大盛，开始试图捕捉并解析时颜的脑波模式。
局面瞬间逆转，时颜和12号都陷入了极度危险。12号在巨大的痛苦中挣扎，一边是“牧蜂人”的强制控制，一边是秦枫预设的“守护原体”协议。就在时颜的意识即将被吞噬的千钧一发之际，重伤的小九通过之前偷偷植入研究中心网络的后门，强行接管了部分系统权限，对“牧蜂人”发动了自杀式数据冲击，短暂扰乱了其控制。
这宝贵的几秒钟给了时颜和12号机会。12号用尽最后力量，将时颜推向服务器核心，嘶喊着“摧毁它！”，同时自身机能过载，死死缠住冲过来的警卫和伯格曼。时颜毫不犹豫地将瑞文给的病毒程序插入了服务器主接口。
系统开始疯狂报警，整个B7层剧烈震动。病毒生效，引发连锁过载。副局长在监控中气急败坏。时颜在爆炸和坍塌中试图寻找12号，但只看到她被掉落的钢结构掩埋的最后画面。通往地面的道路迅速崩塌。
瑞文在外围制造的混乱和核心区的爆炸，让研究中心陷入一片混乱。他趁乱救出了奄奄一息的小九，但无法再联系上时颜。几天后，新闻播报新纪元研究中心因“重大实验事故”引发地下设施严重坍塌，多人伤亡，副局长和伯格曼“不幸遇难”（实则可能金蝉脱壳）。“蜂巢”势力遭受重创，转入更深的潜伏。
林武（陈武的真名，此前因深度卧底需要而使用化名）从未放弃寻找妻子时颜。在“研究中心事故”后，他通过自己的渠道隐约察觉到时颜可能卷入其中，但现场封锁严密，官方记录中无一生还者。他不相信时颜已死，坚信她只是再次失踪。他辞去了表面的工作，利用过去的人脉和资源，化身阴影中的独行者，继续在全球范围内追寻任何可能与“蜂巢”、与时颜相关的蛛丝马迹。他手中唯一的念想，是一张磨损严重的旧照片，上面是时颜明媚的笑容。
而在那场大爆炸的废墟深处，或许在某个不为人知的地下空间，一丝微弱的生命信号，或者一段沉睡的意识，正等待着被唤醒的时刻。黑暗暂时退去，但并未消失，而光明中的寻找，也永远不会停止。
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